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自営業（個人事業主）の人もふるさと納税できます。
自営業の人の寄附限度額計算はこちら
自営業（個人事業主等）の方のふるさと納税控除上限額
確定申告は毎年自分でやっている人は寄附金控除の欄にふるさと納税の寄附額を入力するだけです。
税理士さんにお願いしている人は寄附先自治体から送られてくる寄附証明書を税理士さんに渡せば処理してくれると思います。
12月31日でもう寄付限度額を計算する時間がないという人はとりあえず1万円だけでもやっておいては？
ふるさと納税 自営業 限度額